[0034] 以下实施例中的核酸外切酶Ⅲ购自宝生物工程(大连)有限公司。
[0035] 实施例1 用基于可控自组装镊子结构电化学检测K-ras基因片段
[0036] K-ras原癌基因可以作为分子开关来调节细胞生长,K-ras基因第12密码子突变会扰乱细胞生长并导致癌症,如胰腺癌的恶性肿瘤。统计表明,癌症患者体内K-ras基因发生病变的概率在80%-100%之间。因此,它可以作为胰腺癌早期诊断的生物标志物。
[0037] 以K-ras基因片段作为目标DNA,检测步骤同上所述。
[0038] 目标DNA序列为:5’- TCGTCAAGGC ACTCTTGCCT ACGCCACCAG CTCCAACTAC CACAAG -3’。
[0039] 设计镊子结构序列为:
[0040] A1序列为:
[0041] 5’- HS-CCGACCGCAG GATCCTATAA CTTGACGTAG CTAGAAGGAG-3’;
[0042] A2序列为:
[0043] 5’- GCTGGTGGCG TAGGCAAGAT ACATTTTACG CCTGGTGCC-SH -3’;
[0044] A3序列为:
[0045] 5’- GGGTTGGGTT TTTATAGGAT CCTGCGGTCG GAGGCACCAG GCGTAAAATG TATTTGGGTA GGG -3’;
[0046] A1序列的5’端修饰的巯基和A2序列的3’端的巯基用以自组装至金电极表面上。
[0047] 设计发卡结构序列为:
[0048] 5’- TCACTCCTTC TAGCTACGTC AAGGCACTCT TGCCTACGCC ACCAGCTCCA ACTTGTGGTA GTTGGAGCTG GTGGCGTAGG CAAGAGTGCC TTGACGA -3’;
[0049] (1)金电极的预处理:将金电极在氧化铝粉末上打磨;后依次在超纯水、乙醇、超纯水中超声清洗2-3 min;清洗结束后将金电极插入到0.5 M H2SO4溶液中循环伏安法扫描活化,扫描范围从-0.4 V至+1.5 V,扫描速度100 mV/s,直到获得稳定的循环伏安曲线为止;将电极用超纯水冲洗并用氮气吹干;
[0050] (2)镊子结构的固定:将合成好的A1、A2、A3序列用10 mM PBS缓冲液溶解,-20℃冰箱中保藏;将三条序列用PBS缓冲液稀释;将体系为100 μL、浓度各为0.8 μM的三条序列的溶液放在95℃恒温金属浴中加热5 min,然后室温下反应2 h。之后倒扣到金电极上,反应6h,使镊子结构在金电极表面上形成自组装单分子层;用2 mM 巯基己醇封闭电极4 h;用清洗缓冲液淋洗电极,氮气吹干待用;
[0051] 10 mM PBS缓冲液中含有1 mM Mg2+、1 M NaCl,其pH为7.4;
[0052] (3)镊子结构、目标DNA以及发卡结构之间的杂交反应;将修饰有镊子结构的电极浸没到100 μL的反应体系中,室温反应2 h;
[0053] 所述反应体系为:0.6 μM 发卡结构、不同浓度的目标DNA、60 U的核酸外切酶III,及10 mM PBS缓冲液;
[0054] (4)G-四链体-血红素复合物的形成:将200 μL的G-四链体形成液倒扣在如(3)所述反应后的电极上,室温下30 min;向G-四链体形成液中加入2 μL 20 mM 血红素混匀;将反应液继续倒扣到电极上,室温下1 h;用清洗缓冲液冲洗电极,用于电化学检测;
[0055] G-四链体形成液为:10 mmol•L-1 HEPES, 50 mmol•L-1 KCl, pH8.0[0056] (5)电化学检测:采用三电极系统,上述金电极作为工作电极,Ag/AgCl作为参比电极,铂丝作为对电极;检测所用电解液为含20 mM KCl的pH 7.4,20 mM HEPES缓冲液;先通入氮气30 min;
[0057] 检测方法为差分脉冲伏安法(DPV),扫描范围-0.6~-0.15 V,振幅50 mV;取不同浓度的目标DNA,以步骤(1)-(5)同样操作后对其进行检测,绘制峰电流和目标DNA浓度的关系曲线。
[0058] 经镊子结构固定至电极、发卡结构与目标DNA之间的杂交及G-四链体-血红素复合物形成后所得到电极为工作电极,用差分脉冲伏安法(DPV)进行检测;取一系列不同浓度的目标DNA,以步骤(1)-(5)同样的操作和试剂进行反应后,测定目标DNA在不同浓度条件下的DPV曲线图,分析DPV曲线中峰电流值与目标DNA浓度之间的关系,绘制线性拟合曲线(图2)。随着目标DNA浓度的增加,氧化峰电流信号也随之增强,在目标DNA浓度在10fM到1nM范围内,响应电流与目标DNA浓度的对数呈线性相关,拟合曲线方程y=2.29471+0.41462logC (C是目标DNA的浓度/pM,y是峰电流值/μA),线性相关系数0.99472。目标DNA检测限达到2.5 fM。
[0059] 实施例2. 电化学DNA生物传感器的特异性分析
[0060] 以上述K-ras基因片段为例,用发生单碱基错配和三碱基错配的DNA取代原目标DNA参与杂交反应,具体步骤同实施例1。
[0061] 目标DNA序列为:
[0062] 5’- TCGTCAAGGC ACTCTTGCCT ACGCCACCAG CTCCAACTAC CACAAG -3’[0063] 单碱基错配序列为:
[0064] 5’- TCGTCAAGGC ACTCTTGCCT ACGCCACCAG CTCCAACTAC CCCAAG -3’[0065] 三碱基错配序列为:
[0066] 5’- TCGTCAAGGC ACTCTTGCCT ACGCCACCAG CTCCAACTAC ACAAAG -3’[0067] 比较目标DNA、单碱基错配DNA、三碱基错配DNA三种不同DNA存在下的信号响应。如图4,相比较于完全配对的目标DNA产生的信号增加(a),单碱基(b)和三碱基错配(c)产生的信号强度要低得多,从而验证了构建的电化学DNA生物传感器能很好地辨别目标DNA和突变序列。
[0068] 实施例3.电化学DNA生物传感器检测血清样品中的K-ras基因片段
[0069] 在实际样品人血清中对一系列浓度的目标DNA进行检测,具体步骤同实施例1。
[0070] 取一系列不同浓度的目标DNA,以步骤(1)-(5)同样的操作和试剂进行反应后,测定目标DNA在不同浓度条件下的DPV曲线图,分析DPV曲线中峰电流值与目标DNA浓度之间的关系,绘制线性拟合曲线(图6)。随着目标DNA浓度的增加,氧化峰电流信号也随之增强,在目标DNA浓度在10 fM到1 nM范围内,响应电流与目标DNA浓度的对数呈线性相关,拟合曲线方程y=1.71005+0.2399logC (C是目标DNA的浓度/pM,y是峰电流值/μA),线性相关系数0.9935。目标DNA检测限达到5.1 fM。