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一种基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法   0    0

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专利申请流程有哪些步骤?
专利申请流程图
申请
申请号:指国家知识产权局受理一件专利申请时给予该专利申请的一个标示号码。唯一性原则。
申请日:提出专利申请之日。
2017-12-21
申请公布
申请公布指发明专利申请经初步审查合格后,自申请日(或优先权日)起18个月期满时的公布或根据申请人的请求提前进行的公布。
申请公布号:专利申请过程中,在尚未取得专利授权之前,国家专利局《专利公报》公开专利时的编号。
申请公布日:申请公开的日期,即在专利公报上予以公开的日期。
2018-06-12
授权
授权指对发明专利申请经实质审查没有发现驳回理由,授予发明专利权;或对实用新型或外观设计专利申请经初步审查没有发现驳回理由,授予实用新型专利权或外观设计专利权。
2019-08-30
预估到期
发明专利权的期限为二十年,实用新型专利权期限为十年,外观设计专利权期限为十五年,均自申请日起计算。专利届满后法律终止保护。
2037-12-21
基本信息
有效性 有效专利 专利类型 发明专利
申请号 CN201711391661.1 申请日 2017-12-21
公开/公告号 CN108051492B 公开/公告日 2019-08-30
授权日 2019-08-30 预估到期日 2037-12-21
申请年 2017年 公开/公告年 2019年
缴费截止日
分类号 G01N27/327 主分类号 G01N27/327
是否联合申请 独立申请 文献类型号 B
独权数量 1 从权数量 0
权利要求数量 1 非专利引证数量 0
引用专利数量 0 被引证专利数量 0
非专利引证
引用专利 被引证专利
专利权维持 3 专利申请国编码 CN
专利事件 转让 事务标签 公开、实质审查、授权、权利转移
申请人信息
申请人 第一申请人
专利权人 江南大学 当前专利权人 安徽省华腾农业科技有限公司
发明人 周楠迪、孙笑凡、田亚平 第一发明人 周楠迪
地址 江苏省无锡市滨湖区蠡湖大道1800号江南大学生物工程学院 邮编 214122
申请人数量 1 发明人数量 3
申请人所在省 江苏省 申请人所在市 江苏省无锡市
代理人信息
代理机构
专利代理机构是经省专利管理局审核,国家知识产权局批准设立,可以接受委托人的委托,在委托权限范围内以委托人的名义办理专利申请或其他专利事务的服务机构。
无锡市大为专利商标事务所 代理人
专利代理师是代理他人进行专利申请和办理其他专利事务,取得一定资格的人。
时旭丹、张仕婷
摘要
一种基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法,属于分析化学、医药分析技术领域。本发明设计了三个特殊的核酸序列(A1/A2/A3)和一个发卡结构。其中A1的5’端和A2的3’端分别修饰有巯基,A1及A2的部分序列分别与A3中间的序列通过碱基互补配对可以形成一个打开状态的镊子结构。在有血红素存在时,G‑四链体与血红素结合形成具有很强电化学信号的复合物。通过差分脉冲伏安法(DPV)扫描得到的电化学信号与电极表面的G‑四链体‑血红素复合物、以及体系中加入的目标DNA浓度存在对应关系,从而实现对目标DNA的检测。利用该方法成功实现了在血清样品中对K‑ras基因片段的检测,取得了理想的效果。本发明方法具有灵敏度高、特异性强的优点。
  • 摘要附图
    一种基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法
  • 说明书附图:abs-1
    一种基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法
  • 说明书附图:图1
    一种基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法
  • 说明书附图:图2
    一种基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法
  • 说明书附图:图3
    一种基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法
  • 说明书附图:图4
    一种基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法
  • 说明书附图:图5
    一种基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法
  • 说明书附图:图6
    一种基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法
法律状态
序号 法律状态公告日 法律状态 法律状态信息
1 2020-12-25 专利权的转移 登记生效日: 2020.12.14 专利权人由江南大学变更为安徽省华腾农业科技有限公司 地址由214122 江苏省无锡市滨湖区蠡湖大道1800号江南大学生物工程学院变更为234099 安徽省宿州市银河二路以北磬云路以东港丽锦绣江南(西区)B1楼1602室
2 2019-08-30 授权
3 2018-06-12 实质审查的生效 IPC(主分类): G01N 27/327 专利申请号: 201711391661.1 申请日: 2017.12.21
4 2018-05-18 公开
权利要求
权利要求书是申请文件最核心的部分,是申请人向国家申请保护他的发明创造及划定保护范围的文件。
1.一种基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法,其特征在于具体步骤如下:
(1)金电极的预处理:将金电极在氧化铝粉末上打磨;后依次在超纯水、乙醇、超纯水中超声清洗2-3 min;清洗结束后将金电极插入到0.5M H2SO4溶液中循环伏安法扫描活化,扫描范围从-0.4 V至+1.5 V,扫描速度100mV/s,直到获得稳定的循环伏安曲线为止;将金电极用超纯水冲洗并用氮气吹干;
(2)镊子结构的固定:将合成好的A1、A2、A3序列用10mM PBS缓冲液溶解,-20℃冰箱中保藏;将三条序列用PBS缓冲液稀释;将体系为100μL、浓度各为0.8μM的三条序列的溶液放在95℃恒温金属浴中加热5min,然后室温下反应2h;之后倒扣到金电极上,反应6h,使镊子结构在金电极表面上形成自组装单分子层;用2mM巯基己醇封闭电极4h;用清洗缓冲液淋洗电极,氮气吹干待用;
设计A1序列为:
5’-HS-CCGACCGCAG GATCCTATAA CTTGACGTAG CTAGAAGGAG-3’;
设计A2序列为:
5’-GCTGGTGGCG TAGGCAAGAT ACATTTTACG CCTGGTGCC-SH -3’;
设计A3序列为:
5’-GGGTTGGGTT TTTATAGGAT CCTGCGGTCG GAGGCACCAG GCGTAAAATG TATTTGGGTA GGG -3’;
10mM PBS缓冲液中含有1mM Mg2+、1M NaCl,其pH为7.4;
(3)镊子结构、目标DNA以及发卡结构之间的杂交反应:将修饰有镊子结构的电极浸没到100μL的反应体系中,室温反应2h;
所述反应体系为:0.6μM发卡结构、不同浓度的目标DNA、60U的核酸外切酶III,及10mM PBS缓冲液;
以K-ras基因片段作为目标DNA,其序列为:
5’- TCGTCAAGGC ACTCTTGCCT ACGCCACCAG CTCCAACTAC CACAAG -3’ ;
设计发卡结构序列为:
5’- TCACTCCTTC TAGCTACGTC AAGGCACTCT TGCCTACGCC ACCAGCTCCA ACTTGTGGTA GTTGGAGCTG GTGGCGTAGG CAAGAGTGCC TTGACGA -3’;
(4)G-四链体-血红素复合物的形成:将200μL的G-四链体形成液倒扣在如步骤(3)所述反应后的电极上,室温下反应30min;向G-四链体形成液中加入2μL 20 mM血红素混匀;将反应液继续倒扣到电极上,室温下反应1h;用清洗缓冲液冲洗电极,用于电化学检测;
所述G-四链体形成液为:10mmol·L-1 HEPES,50 mmol·L-1 KCl,pH8.0;
(5)电化学检测:采用三电极系统,上述金电极作为工作电极,Ag/AgCl作为参比电极,铂丝作为对电极;检测所用电解液为含20mM KCl的pH 7.4、20 mM HEPES缓冲液;先通入氮气30 min;
检测方法为差分脉冲伏安法DPV,扫描范围-0.6~-0.15 V,振幅50 mV;取不同浓度的目标DNA,以步骤(1)-(5)同样操作后对其进行检测,绘制峰电流和目标DNA浓度的关系曲线。
说明书

技术领域

[0001] 本发明涉及一种基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法,属于分析化学、医药分析技术领域。

背景技术

[0002] 对特定的基因序列进行检测在临床诊断、疾病的预防和治疗等方面有十分重要的意义。传统的DNA检测方法存在一定的缺点,如操作繁琐、可能导致放射性污染、需要昂贵的检测仪器、灵敏度不高等。电化学DNA生物传感器检测技术与传统的基因检测技术相比,具有操作简单、响应速度快、灵敏度高、环境友好、可便携化高、不污染破坏检测样品等优势,因而使得电化学DNA生物传感器逐渐成为DNA序列检测方面的有效手段。
[0003] 研制电化学DNA生物传感器,开发出灵敏度高、特异性强、检测限低的特定基因序列的检测方法在医学检测、食品工业、环境监测等诸多领域具有重要意义和广泛的应用前景。

发明内容

[0004] 本发明的目的是克服上述不足之处,将生物传感技术与DNA自组装结构及信号放大技术相结合,用G-四链体-血红素复合物进行信号放大,建立一种灵敏度高、特异性强的基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法。
[0005] 本发明的技术方案,一种基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法,步骤如下:将镊子结构固定到金电极上;将不同浓度的目标DNA、发卡结构和固定在电极表面的镊子结构混合杂交反应,此时,目标DNA的一部分和发卡结构发生杂交反应形成双链,在核酸外切酶Ⅲ的帮助下切掉结合的序列,剩下的单链可以与打开状态的镊子结构中A1和A2的另一部分序列互补结合从而拉近A3的两端序列形成闭合状态的镊子,并形成G-四链体结构;在血红素存在时形成G-四链体-血红素复合物,采用差分脉冲伏安法DPV检测响应电流值;
[0006] 所述发卡结构由两部分组成:5’端序列能和镊子结构中A1和A2的部分序列互补,3’端能与目标DNA序列互补。
[0007] 一种基于可控自组装镊子结构电化学检测单链目标DNA的方法,具体步骤如下:
[0008] (1)金电极的预处理:将金电极在氧化铝粉末上打磨;后依次在超纯水、乙醇、超纯水中超声清洗2-3 min;清洗结束后将金电极插入到0.5M H2SO4溶液中循环伏安法扫描活化,扫描范围从-0.4 V至+1.5 V,扫描速度100mV/s,直到获得稳定的循环伏安曲线为止;将金电极用超纯水冲洗并用氮气吹干;
[0009] (2)镊子结构的固定:将合成好的A1、A2、A3序列用10mM PBS缓冲液溶解,-20℃冰箱中保藏;将三条序列用PBS缓冲液稀释;将体系为100μL、浓度各为0.8μM的三条序列的溶液放在95℃恒温金属浴中加热5min,然后室温下反应2h;之后倒扣到金电极上,反应6h,使镊子结构在金电极表面上形成自组装单分子层;用2mM巯基己醇封闭电极4h;用清洗缓冲液淋洗电极,氮气吹干待用;
[0010] 10mM PBS缓冲液中含有1mM Mg2+、1M NaCl,其pH为7.4;
[0011] (3)镊子结构、目标DNA以及发卡结构之间的杂交反应:将修饰有镊子结构的电极浸没到100μL的反应体系中,室温反应2h;
[0012] 所述反应体系为:0.6μM发卡结构、不同浓度的目标DNA、60U的核酸外切酶III,及10mM PBS缓冲液;
[0013] (4)G-四链体-血红素复合物的形成:将200μL的G-四链体形成液倒扣在如步骤(3)所述反应后的电极上,室温下30min;向G-四链体形成液中加入2μL 20 mM血红素混匀;将反应液继续倒扣到电极上,室温下1h;用清洗缓冲液冲洗电极,用于电化学检测;
[0014] G-四链体形成液为:10 mmol•L-1 HEPES, 50 mmol•L-1 KCl, pH8.0[0015] (5)电化学检测:采用三电极系统,上述金电极作为工作电极,Ag/AgCl作为参比电极,铂丝作为对电极;检测所用电解液为含20mM KCl的pH 7.4、20 mM HEPES缓冲液;先通入氮气至少30 min;
[0016] 检测方法为差分脉冲伏安法DPV,扫描范围-0.6~-0.15 V,振幅50 mV;取不同浓度的目标DNA,以步骤(1)-(5)同样操作后对其进行检测,绘制峰电流和目标DNA浓度的关系曲线。
[0017] 以K-ras基因片段作为目标DNA,其序列为:
[0018] 5’- TCGTCAAGGC ACTCTTGCCT ACGCCACCAG CTCCAACTAC CACAAG -3’ ;
[0019] 设计发卡结构序列为:
[0020] 5’- TCACTCCTTC TAGCTACGTC AAGGCACTCT TGCCTACGCC ACCAGCTCCA ACTTGTGGTA GTTGGAGCTG GTGGCGTAGG CAAGAGTGCC TTGACGA -3’;
[0021] 设计A1序列为:
[0022] 5’-HS-CCGACCGCAG GATCCTATAA CTTGACGTAG CTAGAAGGAG-3’;
[0023] 设计A2序列为:
[0024] 5’-GCTGGTGGCG TAGGCAAGAT ACATTTTACG CCTGGTGCC-SH -3’;
[0025] 设计A3序列为:
[0026] 5’-GGGTTGGGTT TTTATAGGAT CCTGCGGTCG GAGGCACCAG GCGTAAAATG TATTTGGGTA GGG -3’。
[0027] 本发明的有益效果:本发明构建了一种灵敏度高、特异性强的电化学DNA生物传感器,实现了对特定单链目标DNA的高灵敏检测;将电化学检测跟信号放大技术联合起来,提高检测灵敏度。

实施方案

[0034] 以下实施例中的核酸外切酶Ⅲ购自宝生物工程(大连)有限公司。
[0035] 实施例1 用基于可控自组装镊子结构电化学检测K-ras基因片段
[0036] K-ras原癌基因可以作为分子开关来调节细胞生长,K-ras基因第12密码子突变会扰乱细胞生长并导致癌症,如胰腺癌的恶性肿瘤。统计表明,癌症患者体内K-ras基因发生病变的概率在80%-100%之间。因此,它可以作为胰腺癌早期诊断的生物标志物。
[0037] 以K-ras基因片段作为目标DNA,检测步骤同上所述。
[0038] 目标DNA序列为:5’- TCGTCAAGGC ACTCTTGCCT ACGCCACCAG CTCCAACTAC CACAAG -3’。
[0039] 设计镊子结构序列为:
[0040] A1序列为:
[0041] 5’- HS-CCGACCGCAG GATCCTATAA CTTGACGTAG CTAGAAGGAG-3’;
[0042] A2序列为:
[0043] 5’- GCTGGTGGCG TAGGCAAGAT ACATTTTACG CCTGGTGCC-SH -3’;
[0044] A3序列为:
[0045] 5’- GGGTTGGGTT TTTATAGGAT CCTGCGGTCG GAGGCACCAG GCGTAAAATG TATTTGGGTA GGG -3’;
[0046] A1序列的5’端修饰的巯基和A2序列的3’端的巯基用以自组装至金电极表面上。
[0047] 设计发卡结构序列为:
[0048] 5’- TCACTCCTTC TAGCTACGTC AAGGCACTCT TGCCTACGCC ACCAGCTCCA ACTTGTGGTA GTTGGAGCTG GTGGCGTAGG CAAGAGTGCC TTGACGA -3’;
[0049] (1)金电极的预处理:将金电极在氧化铝粉末上打磨;后依次在超纯水、乙醇、超纯水中超声清洗2-3 min;清洗结束后将金电极插入到0.5 M H2SO4溶液中循环伏安法扫描活化,扫描范围从-0.4 V至+1.5 V,扫描速度100 mV/s,直到获得稳定的循环伏安曲线为止;将电极用超纯水冲洗并用氮气吹干;
[0050] (2)镊子结构的固定:将合成好的A1、A2、A3序列用10 mM PBS缓冲液溶解,-20℃冰箱中保藏;将三条序列用PBS缓冲液稀释;将体系为100 μL、浓度各为0.8 μM的三条序列的溶液放在95℃恒温金属浴中加热5 min,然后室温下反应2 h。之后倒扣到金电极上,反应6h,使镊子结构在金电极表面上形成自组装单分子层;用2 mM 巯基己醇封闭电极4 h;用清洗缓冲液淋洗电极,氮气吹干待用;
[0051] 10 mM PBS缓冲液中含有1 mM Mg2+、1 M NaCl,其pH为7.4;
[0052] (3)镊子结构、目标DNA以及发卡结构之间的杂交反应;将修饰有镊子结构的电极浸没到100 μL的反应体系中,室温反应2 h;
[0053] 所述反应体系为:0.6 μM 发卡结构、不同浓度的目标DNA、60 U的核酸外切酶III,及10 mM PBS缓冲液;
[0054] (4)G-四链体-血红素复合物的形成:将200 μL的G-四链体形成液倒扣在如(3)所述反应后的电极上,室温下30 min;向G-四链体形成液中加入2 μL 20 mM 血红素混匀;将反应液继续倒扣到电极上,室温下1 h;用清洗缓冲液冲洗电极,用于电化学检测;
[0055] G-四链体形成液为:10 mmol•L-1 HEPES, 50 mmol•L-1 KCl, pH8.0[0056] (5)电化学检测:采用三电极系统,上述金电极作为工作电极,Ag/AgCl作为参比电极,铂丝作为对电极;检测所用电解液为含20 mM KCl的pH 7.4,20 mM HEPES缓冲液;先通入氮气30 min;
[0057] 检测方法为差分脉冲伏安法(DPV),扫描范围-0.6~-0.15 V,振幅50 mV;取不同浓度的目标DNA,以步骤(1)-(5)同样操作后对其进行检测,绘制峰电流和目标DNA浓度的关系曲线。
[0058] 经镊子结构固定至电极、发卡结构与目标DNA之间的杂交及G-四链体-血红素复合物形成后所得到电极为工作电极,用差分脉冲伏安法(DPV)进行检测;取一系列不同浓度的目标DNA,以步骤(1)-(5)同样的操作和试剂进行反应后,测定目标DNA在不同浓度条件下的DPV曲线图,分析DPV曲线中峰电流值与目标DNA浓度之间的关系,绘制线性拟合曲线(图2)。随着目标DNA浓度的增加,氧化峰电流信号也随之增强,在目标DNA浓度在10fM到1nM范围内,响应电流与目标DNA浓度的对数呈线性相关,拟合曲线方程y=2.29471+0.41462logC (C是目标DNA的浓度/pM,y是峰电流值/μA),线性相关系数0.99472。目标DNA检测限达到2.5 fM。
[0059] 实施例2. 电化学DNA生物传感器的特异性分析
[0060] 以上述K-ras基因片段为例,用发生单碱基错配和三碱基错配的DNA取代原目标DNA参与杂交反应,具体步骤同实施例1。
[0061] 目标DNA序列为:
[0062] 5’- TCGTCAAGGC ACTCTTGCCT ACGCCACCAG CTCCAACTAC CACAAG -3’[0063] 单碱基错配序列为:
[0064] 5’- TCGTCAAGGC ACTCTTGCCT ACGCCACCAG CTCCAACTAC CCCAAG -3’[0065] 三碱基错配序列为:
[0066] 5’- TCGTCAAGGC ACTCTTGCCT ACGCCACCAG CTCCAACTAC ACAAAG -3’[0067] 比较目标DNA、单碱基错配DNA、三碱基错配DNA三种不同DNA存在下的信号响应。如图4,相比较于完全配对的目标DNA产生的信号增加(a),单碱基(b)和三碱基错配(c)产生的信号强度要低得多,从而验证了构建的电化学DNA生物传感器能很好地辨别目标DNA和突变序列。
[0068] 实施例3.电化学DNA生物传感器检测血清样品中的K-ras基因片段
[0069] 在实际样品人血清中对一系列浓度的目标DNA进行检测,具体步骤同实施例1。
[0070] 取一系列不同浓度的目标DNA,以步骤(1)-(5)同样的操作和试剂进行反应后,测定目标DNA在不同浓度条件下的DPV曲线图,分析DPV曲线中峰电流值与目标DNA浓度之间的关系,绘制线性拟合曲线(图6)。随着目标DNA浓度的增加,氧化峰电流信号也随之增强,在目标DNA浓度在10 fM到1 nM范围内,响应电流与目标DNA浓度的对数呈线性相关,拟合曲线方程y=1.71005+0.2399logC (C是目标DNA的浓度/pM,y是峰电流值/μA),线性相关系数0.9935。目标DNA检测限达到5.1 fM。

附图说明

[0028] 图1 基于G-四链体-血红素复合物的电化学检测特定单链DNA原理图。
[0029] 图2不同浓度的目标DNA存在下的DPV曲线图。
[0030] 图3 DPV峰电流值与目标DNA浓度关系标准曲线图。
[0031] 图4 目标DNA和不同碱基错配DNA存在时峰电流变化直方图。
[0032] 图5不同浓度的目标DNA在实际样品检测中的DPV曲线图。
[0033] 图6在实际样品检测中DPV峰电流值与目标DNA浓度关系标准曲线图。
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