[0039] 以下结合附图实施例对本发明作进一步详细描述。
[0040] 实施例1:
[0041] 本发明为一种黑腹果蝇中自噬作用关键基因表达水平检测的试剂盒,该试剂盒中包括以下试剂:
[0042] 1)DEPC水
[0043] 2)5×RT缓冲液
[0044] 3)反转录引物(RT primer mix)
[0045] 4)RT酶(全称反转录酶)
[0046] 5)溶液Z
[0047] 6)10×PCR缓冲液
[0048] 7)PCR引物
[0049] 8)25mM氯化镁溶液
[0050] 9)DNA聚合酶
[0051] 10)阳性对照
[0052] 上述的反转录引物包括表1和表2中10种自噬作用关键基因与RNA内参的RT扩增引物,所述的PCR引物包括表1和表2中10种自噬作用关键基因与RNA内参的PCR扩增引物,基因序列如下表2所示。
[0053] 上述Z溶液包括三磷酸脱氧核苷酸(dNTPs)和通用引物,通用引物正向扩增引物序列为AGGTGACACTATAGAATA,反向扩增引物序列为GTACGACTCACTATAGGGA,通用引物正向扩增引物带荧光标记。
[0054] 上述阳性对照品为连接有设计上述10种自噬作用关键基因和RNA内参的目标检测序列的USC1.0的克隆载体。
[0055] 上述基因靶位点设计:选择对黑腹果蝇该基因特异、且针对该基因各个mRNA亚型(transcript variant)之间的保守区域基因片段设计引物,即能够特异性检测该基因的各个mRNA亚型,而不出现非特异性检测到其他基因。
[0056] (1)黑腹果蝇基因Autophagy-related 3(Atg3)位点:可特异性检测到黑腹果蝇Atg3基因唯一1个mRNA亚型(transcript variant)。
[0057] (2)黑腹果蝇基因Autophagy-related 4a(Atg4a)位点:可特异性检测到黑腹果蝇Atg4a基因2个mRNA亚型(transcript variant),且2个mRNA亚型扩增区域片段长度一致。
[0058] (3)黑腹果蝇基因Autophagy-related 4b(Atg4b)位点:可特异性检测到黑腹果蝇Atg4b基因唯一1个mRNA亚型(transcript variant)。
[0059] (4)黑腹果蝇基因Autophagy-related 5(Atg5)位点:可特异性检测到黑腹果蝇Atg5基因唯一1个mRNA亚型(transcript variant)。
[0060] (5)黑腹果蝇基因Autophagy-related 7(Atg7)位点:可特异性检测到黑腹果蝇Atg7基因2个mRNA亚型(transcript variant),且2个mRNA亚型扩增区域片段长度一致。
[0061] (6)黑腹果蝇基因Autophagy-related 8a(Atg8a)位点:可特异性检测到黑腹果蝇Atg8a基因3个mRNA亚型(transcript variant),且3个mRNA亚型扩增区域片段长度一致。
[0062] (7)黑腹果蝇基因Autophagy-related 8b(Atg8b)位点:可特异性检测到黑腹果蝇Atg8b基因2个mRNA亚型(transcript variant),且2个mRNA亚型扩增区域片段长度一致。
[0063] (8)黑腹果蝇基因Autophagy-related 10(Atg10)位点:可特异性检测到黑腹果蝇Atg10基因2个mRNA亚型(transcript variant),且2个mRNA亚型扩增区域片段长度一致。
[0064] (9)黑腹果蝇基因Autophagy-related 12(Atg12)位点:可特异性检测到黑腹果蝇Atg12基因唯一1个mRNA亚型(transcript variant)。
[0065] (10)黑腹果蝇基因Autophagy-related 16(Atg16)位点:可特异性检测到黑腹果蝇Atg16基因4个mRNA亚型(transcript variant),且4个mRNA亚型扩增区域片段长度一致。
[0066] (8)RNA内参:选用黑腹果蝇RpL32(ribosomal protein L32)基因,可检测样品中RNA的完整性。
[0067] 实施例2:
[0068] 本发明一种黑腹果蝇中自噬作用关键基因表达水平检测的试剂盒,检测的基因包括黑腹果蝇基因Atg3,Atg4a,Atg4b,Atg5,Atg7,Atg8a,Atg8b,Atg10,Atg12,Atg16(见表1)。采集黑腹果蝇样品,提取核酸,以样品核酸为模板进行反转录和PCR反应,最终用毛细电泳方法分离样品,具体步骤如下:
[0069] 1、生产基于GeXP多重基因表达遗传分析系统的黑腹果蝇中自噬作用关键基因表达水平检测的试剂盒,试剂盒中包括的组分同上述实施例1;
[0070] 2、采集样本并提取核酸
[0071] 采集黑腹果蝇的实验组及对照组样本,分离提取核酸;
[0072] 3、以样品核酸为模板进行反转录(RT)反应
[0073] 1)按以下比例在96孔样品板上加入试剂和样品(RT板见表4):
[0074] 表4 RT反应试剂和样品混合比例
[0075]
[0076] 注:在RT反应中加入阳性对照品,阳性对照品为由各目标基因克隆所得,包含目标片段质粒,用量为1μL/反应。
[0077] 2)混匀后按以下温度孵育(见表5):
[0078] 表5 RT反应条件
[0079]
[0080] 4、以反转录产物为模板进行PCR反应
[0081] 1)按以下比例在96孔样品板上加入试剂和样品(PCR板见表6):
[0082] 表6 PCR反应试剂和样品混合比例
[0083]
[0084] 注:Z溶液包括三磷酸脱氧核苷酸(dNTPs)和通用引物,通用引物正向扩增引物序列为AGGTGACACTATAGAATA,反向扩增引物序列为GTACGACTCACTATAGGGA,通用引物正向扩增引物带荧光标记。
[0085] 2)混匀后按以下温度进行热循环反应(见表7):
[0086] 表7 PCR反应条件
[0087]
[0088] 5、GeXP遗传分析仪毛细电泳分离样品
[0089] 1)制备GeXP样品(见表8):
[0090] 表8 GeXP样品混合比例
[0091]
[0092] 2)毛细电泳分离样品
[0093] 将GeXP样品加入96孔毛细管电泳分离板上适当数目的孔中进行毛细管电泳分离;毛细管电泳分离是一类以毛细管为分离通道、以高压直流电场为驱动力的新型液相分离技术,具体程序为90℃变性120秒,进样电压2kv,30秒,分离电压6kv,35分钟。
[0094] 6、结果分析(见GenomeLab GeXP遗传分析仪说明书)
[0095] 根据GeXP遗传分析仪自有软件上默认的参数对结果进行片段大小分析,其横坐标表示片段大小,纵坐标为信号强弱。将GeXP遗传分析仪的软件获得的实验组图谱与对照组图谱对比,判断自噬作用关键基因表达的变化,并通过软件得到表达增加或者减少的百分比(表9)。对照组图谱如图1所示,实验组对照组图谱如图2所示。对照组孵化后70天的成年老年黑腹果蝇,实验组为孵化后10天的成年年轻黑腹果蝇,比较显示,年轻果蝇(图2)相对年老果蝇(图1),自噬作用关键基因表达水平明显要高,也就是说,老年果蝇中自噬作用基因表达降低了,说明自噬作用随着年龄的增长而逐步丧失功能,可能会导致有害物质大量累积,最终引发衰老和死亡。其结果能准确检测出10种黑腹果蝇中自噬作用关键基因靶标的表达水平,各目标片段大小间隔适中,且信号不至于过饱和,各靶标间信号相对持平,且没有宽峰、双峰等现象。
[0096] 表9自噬作用关键基因表达的变化
[0097]
[0098] 实施例3:检测试剂盒灵敏度、特异性分析
[0099] 灵敏度分析:将阳性对照按一定拷贝数倍比稀释后,经PCR扩增和毛细管电泳检测直至检测不到信号,该拷贝数即为最低检测线,也就是试剂盒的灵敏度。灵敏度达45拷贝。
[0100] 特异性分析:单重PCR扩增经毛细管电泳检测为目标片段大小的单峰。
[0101] 上述说明并非对本发明的限制,本发明也并不限于上述举例。本技术领域的普通技术人员在本发明的实质范围内,做出的变化、改型、添加或替换,也应属于本发明的保护范围。