[0026] 下面将更详细地描述本发明的优选实施方式。虽然以下描述了本发明的优选实施方式,然而应该理解,可以以各种形式实现本发明而不应被这里阐述的实施方式所限制。实施例中未注明具体条件者,皆按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可以通过市售购买获得的常规产品。
[0027] 实施例1
[0028] 本实施例用于说明TCGA高通量数据分析乳腺癌中CCDC127的表达变化。
[0029] 1.TCGA高通量数据分析过程:
[0030] 登录TCGA门户网站UALCAN(http://ualcan.path.uab.edu/index.html)首页,点击“Analysis”,输入基因名称“CCDC127”,选择TCGA dataset“Breast invasive carcinoma”,检索,点击“Expression”,记录结果。利用GraphPad 12.0软件作图,统计方法为T检验,P<0.05为差异有统计学意义。
[0031] 2.结果:乳腺癌组织中CCDC127的表达较正常组织显著升高(P<0.001),如图1所示。
[0032] 实施例2
[0033] 本实施例用于说明TCGA高通量数据分析CCDC127高表达与乳腺癌预后关系。
[0034] 1.TCGA高通量数据分析过程:
[0035] 登录TCGA门户网站cBioPortal(http://www.cbioportal.org/),选择肿瘤数据集“Breast Invasive Carcinoma(TCGA Provisional)”,组学数据选择“mRNA Expression z‑Scores(RNA Seq V2RSEM)”,基因输入“CCDC127:EXP>=2”,检索,弹出页面中点击“Survival”,记录结果。Kaplan‑Meier法绘制生存曲线,log‑rank检验生存曲线差异,P<0.05为差异有统计学意义。
[0036] 2.结果:CCDC127高表达不利于乳腺癌患者总体生存(P=0.0187)(图2)。
[0037] 实施例3
[0038] 本实施例用于说明制备检测CCDC127表达量的试剂用于制备乳腺癌患者预后的试剂盒(50次反应)。
[0039] 1.Trizol 50.0ml;
[0040] 2.异丙醇50.0ml;
[0041] 3.氯仿50.0ml;
[0042] 4.无水乙醇50.0ml;
[0043] 5.无RNA酶水5.0ml
[0044] 6. 1.0μM随机引物(Random primers)50.0μl;
[0045] 7. 5×M‑MLV缓冲液2.0ml;
[0046] 8. 10.0mM三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTPs)100.0μl;
[0047] 9. 40U/μl RNA酶抑制剂50.0μl;
[0048] 10. 200U/μl M‑MLV逆转录酶50.0μl;
[0049] 11.ABI 2×PCR Mix 2.0ml;
[0050] 12. 10.0μM CCDC127实时荧光定量PCR特异性引物30.0μl,引物序列见表1;
[0051] 13. 10.0μM ACTB实时荧光定量PCR特异性引物30.0μl,引物序列见表1。
[0052] 表1荧光定量RT‑PCR引物序列
[0053]
[0054] 实施例4
[0055] 本实施例用于说明临床乳腺癌组织样本CCDC127的检测。
[0056] 1.本项研究在患者知情同意下进行。57例乳腺癌患者临床信息来自患者就诊记录。乳腺癌标本分为两部分:一部分在液氮中立即冻结,保存在‑80℃直到进行RNA提取,另一部分则用于组织病理学评估。
[0057] 2.组织中总RNA提取:本实验在冰浴中进行。取30~50mg组织(新鲜或‑70℃及液氮中保存的组织均可)置1.5ml离心管中,加入1ml Trizol充分匀浆,室温静置5min;每管加入200μl氯仿,剧烈混匀30sec,静置15min,4℃12000rpm离心15min;轻轻吸取上层液体400μl至另一新离心管中,加入等体积异丙醇,轻轻颠倒混匀,4℃12000rpm离心10min;弃上清,加入1ml 75%酒精洗涤沉淀物,4℃12000rpm离心10min;尽可能弃掉上清,室温下晾干10min,每管加入10μl无RNA酶水,溶解(65℃促溶10‑15min)。测定OD260,计算RNA浓度。
[0058] RNA(mg/ml)=40×OD260×稀释倍数(n)/1000
[0059] 3.反转录:每25μl反转录体系包括100pmol随机引物,2μg总RNA,M‑MLV反转录酶1μl,RNase抑制剂0.625μl,dNTPs(10mM)1.25μl,5×M‑MLV缓冲液5μl,无RNA酶水补齐至25μl。反应条件为:37℃1h,95℃5min。
[0060] 4.定量PCR:每20μl反应体系包含2×PCR Mix 10μl,上、下游引物各0.4μl,cDNA 1μl,ddH2O 8.2μl。反应条件为:94℃2min,94℃15s,60℃40s,40个循环。
[0061] 5.2‑ΔΔCT法计算CCDC127相对表达量:本实验检测57例乳腺癌组织和18例癌旁组织中CCDC127的相对表达量变化。ACTB作为内参基因,将qPCR测得的靶基因CCDC127CT值与同组织来源的内参基因ACTB的CT值相减得到ΔCT,再将ΔCT与对照组ΔCT相减得到ΔΔCT(取癌旁样本ΔCT的平均值为ΔCT对照),利用Excell表格中Power函数计算每组CCDC127相对表达量。利用软件GraphPad Prism 6.0绘图,T检验分析乳腺癌和癌旁CCDC127表达差异,P<0.05为差异具有统计学意义。
[0062] 6.CCDC127高表达与乳腺癌患者预后:患者随访时间为1‑32个月,成功接受随访患者数为57例。CCDC127相对表达量高于癌旁组织相对表达量均数2倍的为高表达,共9例,其他为CCDC127低表达,共48例。Kaplan‑Meier法绘制生存曲线,log‑rank检验生存曲线差异,P<0.05为差异有统计学意义。
[0063] 7.结果:
[0064] 临床样本检测结果显示,乳腺癌中CCDC127表达较癌旁组织显著升高(P<0.001),如图3所示;且CCDC127高表达不利于乳腺癌患者总体生存(P=0.0318),如图4所示。
[0065] 以上已经描述了本发明的各实施例,上述说明是示例性的,并非穷尽性的,并且也不限于所披露的各实施例。在不偏离所说明的各实施例的范围和精神的情况下,对于本技术领域的普通技术人员来说许多修改和变更都是显而易见的。